按照《民法典》第96条的规定，农村集体经济组织和村民委员会都是特别法人。农村集体经济组织是经济组织，是农民合作经济的载体，作为独立民事主体享有权利、承担义务；村民委员会是基层群众性自治组织，可以从事为履行职能所需要的民事活动。根据相关法律规定和实践经验，两者之间的主要区别有：
第一，产生的时间与涵盖的地域范围不同。就产生时间而言，农村集体经济组织可以追溯到中华人民共和国成立后实行农村社会主义改造时成立的初级合作社和高级合作社，经过人民公社体制，在农村改革后重新建立乡、村、组的农民经济合作社、合作社联社等农村集体经济组织；村民委员会是农村改革后在原生产大队基础上改制成立的。显然，集体经济组织在先，村民委员会在后。
就地域范围而言，村民委员会只设在村一级，农村集体经济组织既可以是村级的，也可以是乡（镇）级、村民小组级的，更多地与人民公社的“三级所有，队为基础”相对应。
第二，成员的构成和权利不同。村集体经济组织的成员主要是长期生活、居住在当地的原住民及其后代，而村民既包括原住民及其后代，也包括在本村居住一年以上的外来人员。因此，集体经济组织成员通常都是村民，而村民有些不是集体经济组织成员，特别是外来人口较多的经济发达地区，不少村民都不是集体经济组织成员。
集体经济组织成员依据物权法、农村土地承包法、土地管理法等对农民集体所有的土地等财产享有权利（例如承包集体土地、依法取得宅基地、参与分配集体收益的权利，是成员权的组成部分），同时还享有村民的自治权利，而村民主要依据村民委员会组织法享有村民自治的有关权利，不是集体经济组织成员的村民对集体所有的土地和其他财产不享有权利，也不参与集体收益的分配。
第三，基本职能和指导机关不同。农村集体经济组织代表农民集体从事各种经营活动，负责经营、管理农民集体所有的土地和其他财产（资金、资产、资源），发展集体经济，促进集体资产保值增值，为成员提供生产、技术、信息等服务，主要承担经济职能，客观上可能涉及但不负责管理农民公共事务。按照《村民委员会组织法》第2条的规定，村民委员会主要负责办理本村公共事务和公益事业，调解民间纠纷，协助维护社会治安，向人民政府反映村民的意见、要求和提出建议，即村民委员会主要承担社会职能，负责公益性事务，也可以接受政府委托从事管理性事务。
按照当前的实践，乡镇人民政府和县级以上人民政府民政部门依职责对村民委员会予以指导和监督；乡镇人民政府和县级以上人民政府农业农村部门依职责对农村集体经济组织予以指导和监督。
第四，经费来源不同。村民委员会办理公益事业所需经费，由村民会议通过筹资筹劳解决；确有困难的，由地方人民政府给予适当支持。村民委员会本身所需经费的来源既有公共财政资金，也有集体经济的收益；而农村集体经济组织的经费来源只能是集体经济的收益，不包括公共财政。
何宝玉，全国人大农业与农村委员会办公室主任
摘自《法律适用》2021年第10期文章《我国农村集体经济组织的历史沿革、基本内涵与成员确认》
